ผู้ป่วยโรคมือเท้าปากมักประสบปัญหาภาวะขาดน้ำ เพราะการป่วยทำให้เกิดแผลอักเสบภายในปากและลำคอ ทำให้กลืนลำบาก สร้างความเจ็บปวดขณะกลืนน้ำหรืออาหาร ส่วนอาการอื่น ๆ ที่อาจพบตามมา มักเป็นอาการป่วยทั่วไปที่ไม่รุนแรง อาจมีเพียงบางรายที่มีอาการเจ็บป่วยรุนแรงซึ่งมีโอกาสพบได้น้อยมาก เช่น
เล็บมือเล็บเท้าหลุด
เคยมีรายงานการพบเด็กมีเล็บมือเล็บเท้าหลุดออกไปหลัง 2–3 สัปดาห์ จากการป่วยด้วยโรคมือเท้าปาก แต่เล็บเหล่านั้นก็จะงอกกลับขึ้นมาใหม่ในภายหลัง โดยไม่ต้องใช้การรักษาใด ๆ แต่ยังไม่มีข้อมูลการศึกษาที่แน่ชัดเกี่ยวกับอาการแทรกซ้อนชนิดนี้ที่เกี่ยวข้องกับโรคมือเท้าปาก
หากการติดเชื้อไวรัสส่งผลกระทบต่อสมอง อาจทำให้เกิดอาการที่เกี่ยวกับสมอง คือ
ภาวะเยื่อหุ้มสมองอักเสบ (Viral Meningitis)
เป็นการอักเสบที่เยื่อบุสมอง น้ำไขสันหลังบริเวณสมอง และเส้นประสาทไขสันหลังจากการติดเชื้อไวรัส ทำให้เกิดอาการอย่างมีไข้ ปวดหัว ปวดหลัง คอแข็ง จนอาจต้องเข้ารับการรักษาตัวในโรงพยาบาลเป็นเวลาหลายวัน
ภาวะสมองอักเสบ (Encephalitis)
ภาวะนี้เกิดจากการอักเสบที่สมองจากการติดเชื้อไวรัส ซึ่งเป็นอาการป่วยรุนแรงและเสี่ยงเป็นอันตรายถึงชีวิต และโรคโปลิโอ (Polio-like Paralysis) ที่เกิดจากการติดเชื้อไวรัสเฉียบพลันที่ส่งผลต่อเส้นประสาทสมองและไขสันหลัง แต่แทบจะไม่พบภาวะแทรกซ้อนในลักษณะเช่นนี้
