สาเหตุของโรคมือเท้าปาก เกิดจากการติดเชื้อไวรัสในกลุ่มเอนเทอโรไวรัส (Enterovirus) ส่วนใหญ่เกิดจากไวรัสสายพันธุ์ค็อกซากี้ เอ16 (Coxsackie A16 Virus) และส่วนที่เกิดจากเอนเทอโรไวรัส 71 (Enterovirus 71) ซึ่งพบได้ไม่บ่อยนักและอาจเป็นสาเหตุทำให้เกิดภาะแทรกซ้อนหรืออาการที่รุนแรงเสี่ยงต่อการเสียชีวิตอย่างภาวะสมองอักเสบ โดยเชื้อไวรัสเหล่านี้จะสามารถแพร่กระจายจากคนสู่คนผ่านการปนเปื้อนอยู่ในของเหลวในร่างกายของผู้ที่ติดเชื้อ เช่น น้ำมูก น้ำลาย เสมหะ ของเหลวในแผลหนอง อุจจาระ และของเหลวที่ออกมาจากการไอหรือจาม
นอกจาก 2 สายพันธุ์นี้ ยังมีไวรัสสายพันธุ์อื่น ๆ ที่สามารถเป็นต้นเหตุของโรคมือเท้าปากได้ คือ กลุ่มเอนเทอโรไวรัส เช่น กลุ่มโปลิโอไวรัส (Polioviruses) กลุ่มค็อกซากี้ไวรัส (Coxsackieviruses) กลุ่มเอ็กโค่ไวรัส (Echoviruses) และกลุ่มเอนเทอโรไวรัสชนิดอื่น ๆ (Enteroviruses)
