โดยส่วนใหญ่แล้วผู้ติดเชื้อไวรัสเอชพีวี มักจะไม่แสดงอาการของหูดหงอนไก่ แต่บางรายหากได้รับเชื้อก็อาจมีอาการแสดงออกมาให้เห็นได้ โดยอาจเริ่มแสดงตั้งแต่หลังได้รับเชื้อไม่กี่สัปดาห์ ไปจนถึงหลายเดือน หลายปี หลังจากได้รับเชื้อครั้งแรก
อาการของหูดหงอนไก่ อาจแสดงให้เห็นในลักษณะของติ่งเนื้อเรียบหรือขรุขระ เป็นตุ่ม มีสีต่างจากผิวหนัง และมีผิวบริเวณอวัยวะเพศและทวารหนักที่เปลี่ยนแปลงไป ในบางราย หูดที่เกิดขึ้นอาจมีลักษณะเล็กมากจนไม่สามารถวินิจฉัยได้ ขณะที่หูดที่เกิดขึ้นจะไม่ทำให้เกิดอาการเจ็บ แต่ก็มีบางกรณีที่มีอาการคันการอักเสบ และเป็นสาเหตุให้เกิดเลือดออกที่ท่อปัสสาวะ ช่องคลอด และช่องทวารหนักได้
ทั้งนี้ ผู้ป่วยโรคหูดหงอนไก่อาจมีหูดหงอนไก่ขึ้นเพียงบริเวณเดียว หรือเกิดขึ้นหลายแห่ง และหูดที่ขึ้นมักมีลักษณะคล้ายกับดอกกะหล่ำ โดยหูดที่เกิดขึ้นในผู้ชายและผู้หญิงจะสามารถเกิดขึ้นได้ที่บริเวณดังต่อไปนี้
หูดหงอนไก่ในเพศหญิง บริเวณที่สามารถพบหูดหงอนไก่ได้มากที่สุดคือ บริเวณอวัยวะเพศที่ใกล้กับช่องคลอด ที่คอมดลูกด้านในของช่องคลอดรอบ ๆ ช่องทวารหนัก หรือบริเวณต้นขาด้านบน
หูดหงอนไก่ในเพศชาย บริเวณที่สามารถพบหูดหงอนไก่ได้มากที่สุดคือ บริเวณอวัยวะเพศชาย บริเวณลูกอัณฑะ ด้านในของท่อปัสสาวะ หรือบริเวณด้านบนของต้นขา
อาการของหูดหงอนไก่สามารถเกิดขึ้นได้ทั้งภายในและภายนอกของร่างกาย หากเกิดขึ้นภายในที่บริเวณท่อปัสสาวะ จะทำให้เกิดปัญหาในการปัสสาวะ เนื่องจากหูดที่ขึ้นบริเวณใกล้ ๆ หรือภายในท่อปัสสาวะจะไปขัดขวางการไหลของปัสสาวะ และอาจนำมาสู่ปัญหาในการปัสสาวะอื่น ๆ ได้ ไม่เพียงเท่านั้น ในผู้ป่วยบางรายที่มีเพศสัมพันธ์ด้วยการใช้ปากกับอวัยวะเพศของผู้ที่ติดเชื้อไวรัสเอชพีวี อาจพบหูดหงอนไก่ที่บริเวณปากและภายในคอได้อีกด้วย
