ภาวะแทรกซ้อนของหูดหงอนไก่เป็นเรื่องที่สามารถเกิดขึ้นได้ เนื่องจากเชื้อไวรัสเอชพีวีเป็นเชื้อที่ไม่สามารถกำจัดออกจากร่างกายได้หมด และเชื้อไวรัสชนิดนี้สามารถก่อให้เกิดมะเร็งปากมดลูกได้อีกด้วย นอกจากนี้หูดหงอนไก่อาจก่อให้เกิดอาการแทรกซ้อนเหล่านี้
- การกลับมาเป็นซ้ำ มีผู้ป่วยจำนวนไม่น้อยที่กลับมาเป็นโรคหูดหงอนไก่ซ้ำจากการรักษาที่ไม่มีประสิทธิภาพ หรือยาที่ใช้ให้ผลไม่ดีพอ นอกจากนี้ การกลับมาเป็นซ้ำยังอาจเกิดจากการกลับไปมีเพศสัมพันธ์โดยไม่ป้องกันหรือไม่ปลอดภัย และเกิดจากรอยโรคเดิมที่เคยเป็นได้อีกด้วย
- มะเร็ง หูดหงอนไก่และมะเร็งเกิดขึ้นจากเชื้อไวรัสเอชพีวีเหมือนกัน แต่แตกต่างที่สายพันธุ์ โดยธรรมชาติ ร่างกายสามารถติดเชื้อไวรัสหลายชนิดหรือหลายสายพันธุ์พร้อม ๆ กันได้ จึงทำให้ชายและหญิงเสี่ยงต่อการเป็นมะเร็งที่บริเวณอวัยวะเพศได้มากขึ้น นอกจากมะเร็งปากมดลูกที่พบได้บ่อยในผู้ติดเชื้อเอชพีวีแล้ว ยังพบว่าเชื้อนี้มีความสัมพันธ์กับมะเร็งชนิดอื่น ๆ เช่น มะเร็งที่อวัยวะเพศชาย มะเร็งที่ทวารหนัก หรือมะเร็งที่บริเวณปากและคออีกด้วย จึงทำให้ในระหว่างการรักษาหรือหลังจากการรักษา แพทย์จะต้องทำการติดตามอาการอย่างใกล้ชิด ผู้หญิงควรตรวจแปปสเมียร์อย่างน้อยทุก ๆ 3-6 เดือนเพื่อติดตามความเปลี่ยนแปลงภายในอุ้งเชิงกรานที่อาจเป็นสัญญาณเตือนของมะเร็งภายในอุ้งเชิงกรานได้
- ปัญหาระหว่างการตั้งครรภ์ โรคหูดหงอนไก่สามารถส่งผลกระทบได้มากโดยเฉพาะในช่วงการตั้งครรภ์ หูดที่ขึ้นอาจมีขนาดใหญ่ขึ้นจนไปขัดขวางทางเดินปัสสาวะ หรือถ้าหากหูดหงอนไก่ขึ้นบริเวณผนังมดลูก ก็จะทำให้ผนังมดลูกขยายตัวในขณะคลอดได้ไม่เต็มที่ รวมทั้งยังอาจทำให้เกิดเลือดออกขณะคลอดได้เช่นกัน
นอกจากนี้ในบางกรณีที่เกิดขึ้นได้น้อย ทารกที่เกิดมาอาจมีหูดหงอนไก่ขึ้นภายในลำคอ คอหอย หลอดลม หรือเส้นเสียง ซึ่งจะไปขัดขวางทางเดินหายใจของเด็กจนเด็กเป็นอันตรายถึงชีวิต ทำให้ต้องได้รับการผ่าตัดในทันที ทั้งนี้การผ่าตัดหูดหงอนไก่ในทารกอาจต้องทำหลายครั้งเพื่อให้หายสนิท และสร้างความทรมานแก่เด็กเป็นอย่างมาก
