ภาวะแทรกซ้อนของฝีที่อาจเกิดขึ้นได้ คือ
- หลังการรักษาไปแล้ว แต่หนองในฝียังไม่หมดไป จึงทำให้ฝียังคงมีเชื้อโรคและหนองอักเสบอยู่
- กลับมาเป็นฝีซ้ำอีกครั้ง
- เกิดฝีขึ้นมาใหม่ในบริเวณอื่น ๆ
- เชื้อในฝีแพร่กระจายไปยังส่วนอื่น ๆ ในร่างกาย ทำให้เกิดการเจ็บป่วยจากการติดเชื้อ
- เกิดการติดเชื้อสแตฟฟิโลค็อคคัส ออเรียส ที่ดื้อยาเมธิซิลิน (Methicillin–Resistant Staphylococcus Aureus: MRSA) ทำให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะพื้นฐานบางตัวไม่ได้ผล
ในบางครั้งเชื้อที่อยู่ในหนองภายในฝีอาจลามเข้าสู่กระแสเลือดหรือเนื้อเยื่อต่าง ๆ หรือฝีอาจแตกและทำให้เชื้อลามไปยังเนื้อเยื่อส่วนอื่น ๆ จึงเป็นเหตุให้เกิดภาวะแทรกซ้อนที่เสี่ยงอันตรายต่อชีวิตได้ เช่น
- ภาวะติดเชื้อในกระแสเลือด
- การติดเชื้อแพร่กระจายลามออกไปยังสมองและไขสันหลัง ซึ่งอาจเป็นอันตรายต่อชีวิต
- เยื่อบุหัวใจอักเสบ เนื่องจากเกิดการติดเชื้อที่เยื่อบุหัวใจ
- เนื้อเยื่อในบริเวณที่เกิดฝีตาย หรือเกิดภาวะเนื้อตายเน่า
- เกิดการติดเชื้อในกระดูกอย่างเฉียบพลัน หรือภาวะกระดูกอักเสบ
