กรดไหลย้อนมีอาการที่ไม่รุนแรง แต่อาจเรื้อรังจนส่งผลกระทบต่อการใช้ชีวิตประจำวัน และมีอาการแทรกซ้อนขึ้นได้หากปล่อยทิ้งไว้เป็นระยะเวลานาน เช่น ไอเรื้อรัง อาจกระตุ้นให้เกิดอาการหอบหืด อาจทำให้เกิดการอักเสบของคอและกล่องเสียง และอาจเกิดไซนัสอักเสบหรือปอดอักเสบได้จากฤทธิ์ของกรดที่ไประคายเคืองอวัยวะในทางเดินหายใจ
นอกจากนี้ยังอาจส่งผลให้เกิดแผลในหลอดอาหาร ทำให้กลืนอาหารได้ลำบาก รู้สึกเจ็บ หรือมีเลือดออกในหลอดอาหาร รวมทั้งอาจเกิดภาวะหลอดอาหารตีบตัน เนื่องจากกรดไหลย้อนขึ้นไปย่อยผนังหลอดอาหารจนเป็นแผล
เมื่อแผลหายจึงทำให้ผนังบริเวณนั้นเกิดการหดรั้งและหลอดอาหารแคบลงในที่สุด อีกทั้งยังมีโอกาสเสี่ยงต่อโรคมะเร็งหลอดอาหารจากเซลล์ที่มีการอักเสบบ่อย ๆ แต่พบได้น้อยรายจากผู้ป่วยกรดไหลย้อน
