โรคกระเพาะอาหารอักเสบเป็นโรคที่ไม่ร้ายแรง แต่ในกรณีที่มีอาการรุนแรงหรือปล่อยให้เกิดจนเรื้อรัง ผู้ป่วยอาจเกิดภาวะแทรกซ้อนของโรคต่าง ๆ ขึ้นได้
ผู้ป่วยที่เป็นโรคกระเพาะอาหารอักเสบสามารถก่อให้เกิดอาการเลือดไหลเรื้อรังในช่องท้อง ทำให้เกิดการเสียเลือดมากผิดปกติ ซึ่งเป็นสาเหตุที่นำไปสู่ภาวะโลหิตจางได้ อาจมีอาการเหนื่อยง่ายร่วมด้วย
ในบางรายอาจพบโลหิตจางร้ายแรง จากการขาดวิตามิน บี 12 เนื่องจากกระเพาะอาหารไม่สามารถผลิตสาร อินทรินซิค แฟคเตอร์ (Intrinsic Factor) ซึ่งเป็นสารที่จำเป็นในการดูดซึมวิตามิน บี12 ได้เพียงพอ และเมื่อการดูดซึมวิตามินบี 12 ทำได้น้อยลง จึงส่งผลต่อภาวะโลหิตจางชนิดนี้
นอกจากนี้ผู้ป่วยที่เป็นโรคเพาะอาหารอักเสบเรื้อรังมีโอกาสพัฒนาไปสู่การเกิดเนื้องอกหรือมะเร็งภายในกระเพาะอาหารได้ โดยเฉพาะโรคกระเพาะอาหารอักเสบที่มีสาเหตุจากเชื้อเฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร แต่พบได้น้อยมาก
